Strukturo sestavljajo trije glavni upravni nivoji: 

Nivo upravljanja – zastopa ga generalna skupščina in koordinator projekta.

Operativni nivo – predstavljajo ga voditelji delovnih sklopov (WP-jev).

Transferzalni nivo – predstavljajo ga znanstveni odbor, etični odbor in odbor za nadzor kakovosti.

  Upravna struktura je sestavljena iz: 

• Generalna skupščina je organ, ki odloča o ključnih zadevah projekta. Predseduje mu koordinator projekta, sestavlja pa jo po en predstavnik vsakega projektnega partnerja. Generalna skupščina sprejema vse strateške odločitve.
• Koordinator projekta vodi vse zakonske, administrativne in finančne zadeve in nadzoruje splošni napredek projekta TREASURE. Koordinator predstavlja tudi glavno kontaktno osebo med projektnimi partnerji in Evropsko komisijo (REA). Skupina za podporo upravljanja pomaga koordinatorju projekta pri vsakodnevnih aktivnostih.
• Znanstveni odbor sestavljajo znanstveni vodje delovnih sklopov. Njegova vloga je nadziranje znanstvenih vidikov in izkoriščanje rezultatov projekta TREASURE. Skupaj z generalno skupščino zagotavlja spoštovanje in ustrezno obravnavo intelektualne lastnine (IPR).
• Etični odbor sestavljajo 3 člani. Njegova naloga je zagotoviti pravilno izvajanje poskusov na živalih in ravnanje z biološkimi vzorci in genetskimi podatki. Etični odbor bo spremljal tudi komunikacijsko strategijo projekta in njegovih rezultatov ter obravnaval nujna vprašanja.
• Odbor za nadzor kakovostije sestavljen iz petih članov, ki jih imenujejo partnerji. Odgovoren je za notranji nadzor napredka delovnega načrta projekta TREASURE, za opredelitev rizika pri nalogah ali partnerjih in za predlaganje korektivnih ukrepov.